Luego de sucesivas derrotas, al Perú solo le quedaba planear la defensa de Lima, su capital, ante el asedio del Ejercito chileno.

Pero seguían haciendo las cosas de forma incorrecta. Piérola, se encargó de preparar la defensa sin escuchar los consejos de sus experimentados oficiales. Se construyó la Ciudadela Piérola, para defender el Cerro San Cristóbal, armándolo con los cañones de la Independencia y otros que fortificaban el Callao.

La idea era enfrentar a los chilenos fuera de Lima, instalándose en San Juan y Miraflores. 

Las órdenes del General Baquedano eran tajantes:

"Esta tarde a las 6 P. M. marchará todo el Ejército para caer sobre el enemigo antes de aclarar. La I División atacará el ala derecha (S.O.) del enemigo; la II División en el centro por San Juan y la III División el ala izquierda (N. E. ). Yo espero que todos cumplirán con su deber. Somos chilenos y el amor a Chile nos señala el camino de la victoria... ¡Adiós Compañeros! ¿Hasta mañana después de la Batalla...!" (Gonzalo Bulnes, Tomo II página 657)

La División Lynch estaba lista para entrar en acción de combate, eran cerca de las 4 A. M.  y comenzaba a amanecer. Una luz se dibujo en lo alto de la cordillera hacia el oriente, haciendo a sus tropas visibles al enemigo.

Los peruanos rompieron fuego con su infantería y artillería, la cual encontró inmediata respuesta de las tropas de avanzada de Chile. Durante una hora la División Lynch sola contra todas las fuerzas del General Iglesias y del Coronel  Panizo, debido a que la división Sotomayor, que debía venir en apoyo se retrasó en su avance. Mientras tanto las fuerzas de Cáceres apoyaban al primer cuerpo del Ejercito peruano.     

En ese critico momento para la división chilena, el general Baquedano ordeno a tres regimientos de la reserva del Coronel Arístides Martínez apoyar a Lynch, lo que hizo prontamente, sumándose a la Brigada Gana que avanzaba hacia San Juan.

Pronto las tropas peruanas eran expulsadas de sus reductos, procediendo a replegarse hacia el Morro Solar y Chorrillos.

A las 8 AM el Batallón que defendía Villa era arroyado luego de un terrible asalto a bayoneta. Lo mismo ocurría en Santa Teresa, donde sus ocupantes eran obligados a marchar a las fortificaciones de Chorrillos.

Mientras combatía la 1º División, la segunda atacaba a las fuerzas de Cáceres en la entrada de San Juan. La resistencia peruana era formidable. En ese sector se abría paso también la brigada del coronel Gana, formada por el Buin, Esmeralda y el Chillan.

El Buin avanzo en guerrillas al ataque, mientras el Esmeralda y el Chillan tomaban las trincheras al pie del monte de San Juan

El Buin acometió las trincheras por el frente y corriéndose por un costado, amago la altura que protegía el pozo defendido por los batallones Manco Cápac y Ayacucho al mando del Coronel Andrés Cáceres. Pronto fueron apoyados estos batallones por el Huanuco, el que bajo una lluvia de balas avanzo en ayuda de sus compañeros. El regimiento chileno, poseído por una terrible furia, destruía y mataba cada enemigo que se cruzara en su camino conquistando la cima.

Era el paso perfecto para que las tropas de Baquedano pasaran las fortificaciones, por lo cual lanzo la caballería  en persecución de los enemigos, pero fueron detenidos por la presencia de nuevos batallones peruanos que entraron a luchar en un feroz ataque, haciendo retroceder a los Granaderos y carabineros de Yungay, en cual acción cae muerto el bravo comandante Yavar

Avanzado el combate, las municiones comenzaron a escasear en ambos mandos, por lo cual decayó la fiereza del combate.

Aprovechando este receso, las fuerzas de Iglesias salieron en persecución del 4º de Línea y del Chacabuco que eran obligados a retroceder.

Baquedano al darse cuenta de la critica situación de sus tropas, mando en apoyo de estos al Valparaíso el Zapadores y la brigada Barceló, salvando así el resto de sus tropas.

Los chilenos ya se habían apoderado del Morro Solar, asegurando el ala derecha completa de la defensa, empujando a las tropas peruanas hacia Chorrillos, ciudad que fue rodeada por las fuerzas del coronel Pedro Lagos y del Coronel Urriola.                                 

El Bulnes y el Valdivia atacaron por el costado norte del Morro Solar; el Esmeralda, el 3º de Línea, un batallón del Valparaíso y el Aconcagua embistieron por el costado. Los defensores encerrados convirtieron el lugar en una fortaleza luchando desesperadamente.

Al caer la noche la batalla estaba terminada. 10.000 bajas habían sufrido entre ambos ejércitos. De esas, 4000 eran hombres que habían pagado con sus vidas la furia de la guerra.

Baquedano había conseguido la victoria y Piérola se encontraba en Lima, mientras el ejercito de reserva del Perú custodiaba la línea fortificada de Miraflores.          

Terminada la batalla, nada pudo detener a los soldados chilenos, que al entrar al lujoso balneario de Chorrillos, se lanzaron en vergonzosos saqueos, abusos y desmanes, violando mujer que encontraban, no respetando las banderas neutrales, matando civiles y luego incendiando el lugar.

Inútiles fueron los intentos de los oficiales chilenos de frenar a los soldados, quienes inclusive, borrachos, se mataban entre ellos hasta por una botella de licor, produciéndose más de 200 muertos