Su niñez transcurrió en Santiago junto a sus abuelos paternos, don Juan de Dios Aldea y doña María Antonieta Contreras. Luego a los 8 años de edad fue llevado por su padre a la escuela franciscana de Chillán que él dirigía, donde se distinguió por su excelente caligrafía, don muy apreciado en aquellos tiempos, y manifiesto interés por los ejercicios militares.

A los 12 años de edad consiguió el permiso de su padre para vivir con su tía, doña Petronila Aldea de Gutiérrez y a varios de sus primos de alrededor de su misma edad. Entre ellos, Juan de Dios se hizo un hombre, que a los 16 años manifestaba un firme carácter, que era complementado con su pujanza física y su espíritu jovial y bondadoso.

Lo que en un comienzo fue un juego, una ilusión, a los 19 años era una realidad. El 01 de agosto de 1872, furtivamente se enroló como soldado voluntario en la Comisión de Enganche enviada por el Batallón de Artillería de Marina, existente en Valparaíso, cuerpo que dependía de la Comandancia General de Marina. Permaneció en la Primera Compañía de ese Batallón hasta marzo de 1874. En abril de ese año fue enviado en comisión a Valdivia.

El 11 de mayo de 1874, después de haber permanecido como soldado durante 01 año,09 meses y 10 días, asciende a Cabo 2º.

Permaneció en la Primera Compañía del Batallón hasta junio de 1877, con excepción de una comisión del servicio a Magallanes durante junio y julio de 1875.

El 01 de enero de 1876 ascendió a Cabo 1º, después de permanecer 01 año y 07 meses como Cabo 2º.

El 01 de enero de 1877 asciende a Sargento 2º, grado en el que alcanzó a permanecer durante 02 años,04 meses y 21 días.

En junio de 1877 se embarca en la corbeta Esmeralda, y zarpa con su buque a recorrer el litoral, regresando a Valparaíso en noviembre del mismo año.

En febrero de 1878 es transbordado al Pontón Thalaba, donde permanece hasta marzo. En abril regresa a la Primera Compañía del Batallón. En octubre vuelve al Pontón "Thalaba" por dos meses y luego regresa a su Compañía, siendo designado a la Guardia de la Intendencia de Valparaíso.

Declarada la Guerra del Pacífico, en abril de 1879 es transbordado a la corbeta "Esmeralda".

Su amor a la patria y a las armas era una cuestión heredada. El diario "La Discusión de Chillán" al referirse a los varones de la familia Aldea, señala que en su mayoría han sido hombres de armas. En efecto, muchos de esos Aldea, valerosos guerreros, dignos predecesores del héroe de la Esmeralda, entregaron sus vidas en los campos de batalla. Bien se podría afirmar que para el Sargento Aldea no se trataba más que de una vocación irresistible.

La consecuencia se cuenta entre sus principales virtudes. Ello se materializa durante la Guerra del Pacífico, en el Combate Naval de Iquique, el 21 de mayo de 1879, al acompañar a su Comandante, Arturo Prat, en el inmortal abordaje al monitor peruano Huáscar, sin que lo intimidara la gran superioridad del enemigo.

Aldea, cumpliendo fielmente con su deber, al darse la alarma del avistamiento del monitor "Huáscar" y la fragata blindada "Independencia, al toque de "generala" formó en el alcázar a sus 33 Artilleros de Marina que pronto rindieron honores a los pabellones patrios izados en las diferentes drizas de la corbeta, presentándoles armas, y batiendo marchas con su corneta y tambor.

Cerca de la 08.00 horas, al toque de "atención" del Grumete Gaspar Cabrales, el Sargento 2° de Artillería de Marina, Juan de Dios Aldea Fonseca, se colocó en su puesto de combate, junto a su Comandante, el Capitán de Fragata Arturo Prat Chacón, ya que su deber era protegerlo durante el combate. Allí escuchó la inmortal arenga de Prat.

Al primer espolonazo del "Huáscar", acompañó a su Comandante en su heroico abordaje a la nave enemiga. Mientras el oficial caía con su cráneo destrozado, su fiel subalterno caía agónico afirmándose en una bita, junto al mástil del monitor. Tenía el cuerpo herido y sus miembros fracturados. Las balas le habían perforado el cuello, un costado del cuerpo , el brazo izquierdo y pierna derecha. Así permaneció durante el resto del combate, lo que lo desangró.

Alrededor de las 19.00 horas del 21 de mayo de 1879, fue dejado por los peruanos en el muelle de Iquique, junto los cadáveres de su Comandante y del Teniente Ignacio Serrano, . Entrada la noche, alrededor de las 20.30 horas, fue recogido por el ciudadano italiano Adolfo Gariazo y otros extranjeros avecindados en Iquique, don Hilario Maino, don José Picconi, don José Paluneri, y llevado al hospital, donde sufrió la amputación del tercio superior de su brazo herido y posteriormente igual intervención en su pierna derecha, lo cual no logró superar, falleciendo el día 24 de mayo.

Fue enterrado el día 25 en una fosa común y su cadáver exhumado el 01 de junio de 1881, gracias a la información dada por el joven español Feliciano Arego, quien había observado su entierro y a la comisión formada para ese efecto, presidida por el señor Adolfo Gariazo, señores Hilario Maino, Carlos A. Navarrete, Máximo Urízar, Pedro Mardones, Antonio Alfonso, doctor Cornelio Guzmán, Teniente de la Armada, Carlos Krug, Ramón Silva, Eleuterio Concha, Segundo Bueno y el notario público Eduardo Reyes Lavalle.

Su sacrificio y lealtad no pasaron inadvertidos para historiadores, poetas y testigos oculares, que dieron cuenta de su acción, agonía y muerte. El poeta Rubén Darío en su "Canto Épico a las Glorias de Chile", le dedica unos versos exaltando su valentía y lealtad.

La heroica muerte de Juan de Dios Aldea Fonseca ha quedado para siempre perpetuada en el nombre de una de las unidades de la Armada y de numerosas calles de las ciudades de nuestro país.

Sus restos reposan en la Cripta del Monumento a los Héroes de Iquique en Valparaíso.